MS verkefni í líf- og læknavísindum í boði

Leiðbeinandi: Jóna Freysdóttir (jonaf@landspitali.is) og Ingibjörg Harðardóttir (ih@hi.is) prófessorar við Læknadeild

Um verkefnið: Hjöðnun bólgu er nauðsynleg til að koma í veg fyrir að bólga verði krónísk, en krónísk bólga er talin orsakaþáttur í fjölmörgum algengum sjúkdómum eins og hjarta- og æðasjúkdómum, krabbameini og Alzheimers. Nýlega hefur komið í ljós að náttúrulegar drápsfrumur eru nauðsynlegar til að bólguhjöðnun eigi sér stað. Í verkefninu verða náttúrulegar drápsfrumur einangraðar úr blóði og skoðuð áhrif ýmissa boðefna á getu þeirra til að stuðla að hjöðnun bólgu.

Leiðbeinandi: Þór Eysteinsson (thoreys@hi.is) prófessor hjá Lífeðlisfræðistofnun Háskóla Íslands

Um verkefnið: Við leitum að áhugasömum einstaklingi sem hefur bakgrunn í heilbrigðis- og lífvísindum, til að vinna að 90 ECTS meistaraverkefni, til að rannsaka stjórn æðatóns og samdráttarkrafts æðaveggs í slagæðum (slagæðum í sjónhimnu svína og mesenteric slagæðum úr músum). Notaðir eru æðabútar úr þessum æðum sem settir eru í “small wire myography” vefjabað til að mæla samdráttarkraft með tognema, en að auki eru teknar augnbotnamyndir og fljúrljómandi æðamyndataka frá svæfðum nagdýrum. Að auki eru notaðar sameindalíffræðilegar aðferðir til að staðsetja prótein í æðunum sem koma við sögu, og til að mæla styrk tjáningar þeirra. Nemandinn þarf að hafa grunn þekkingu á frumulífeðlisfræði og starfsemi sléttra vöðva. Umsjón með verkefninu hafa Þór Eysteinsson og Andrea García-Llorca á Lífeðlisfræðistofnun HÍ.

Leiðbeinandi: Þór Eysteinsson (thoreys@hi.is) prófessor hjá Lífeðlisfræðistofnun Háskóla Íslands

Um verkefnið: Nýæðamyndun í æðu augans (CNV) er ein af megin orsökum sjóntaps meðal eldra fólks og á sér stað í mörgum sjúkdómum í miðgróf augans, s.s aldurstengd hrörnun í augnbotnum (AMD). Microphthalmia-associated transcription factor (Mitf) gegnir lykilhlutverki í þroskun og starfsemi frumna í litþekju augans, og gæti því hugsanlega verið mikilvægur þáttur í myndun CNV. Í verkefninu verður aflað frekari þekkingar á þeim þáttum sem verka á myndun og stýringu CNV gegnum Mitf genið og þá um leið meðferðarúrræði við CNV. Músamódel af CNV, sem komið er af stað með laser meðferð, verður notað til að meta framgang sjúkdómsins. CNV verður komið af stað í báðum augum með laserskotum (photocoagulation) í músum af villigerð og með stökkbreytingar í Mitf geni.

Leiðbeinandi: Erna Magnúsdóttir, erna@hi.is dósent við Læknadeild

Fjölskylda Rhox umritunarþátta í músum samanstendur af 33 homeoboxþáttum og genin sem skrá fyrir þeim eru staðsett á stakri genaþyrpingu á X litningi. Öfugt við hina skyldu en varðveittu Hox genafjölskyldu, eru Rhoxþættirnir í hraðri þróun. Mjög lítið er viðað um virkni þessara þátta, hvaða genum þeir stjórna og hvaða próteinum þeir bindast, en þeir hafa líklega þróast til að bæla stökkla við endurforritun á umframerfðum kímlínunnar. Það eru ýmsir kostir í boði fyrir MS verkefni sem byggir á rannóknum Rhoxþáttanna. T.d. að skoða þætti sem víxlverka við Rhox þættina eða stjórnun á genatjáningu í stofnfrumum og frumkímfrumum með notkun fjölhæfra stofnfruma úr fósturvísum músa. Neminn myndi t.d. læra að gera western blot, mótefnalitun og confocal smásjárskoðun og rauntíma PCR auk ræktunar á músastofnfrumum. Við myndum þróa verkefnið eftir áhugasviði nemandans.

Leiðbeinandi: Erna Magnúsdóttir, erna@hi.is dósent við Læknadeild

Waldenströmsjúkdómur er sjaldgæf tegund af ólæknandi eitilfrumukrabbameini sem einkennist af íferð einstofna B-eitilfruma í beinmerg og hárri seytingu af IgM. Sjúkdómurinn er áhugaverður út frá tilurð mergæxla og eitilfrumukrabbameina og hefur ákveðin einkenni beggja en er þó með vægari meingerð. Við höfum áhuga á því hvernig umritunarþættir koma að tilurð sjúkdómsins og framvindu, en mjög lítið er vitað um umframerfðir og umritunarstjórn sjúkdómsins og hvernig sú stjórn líkist eða er ólík því sem gerist í mergæxlum og eitilfrumumeinum. Það eru verkefni í boði sem tengjast rannsóknarspurningum um genastjórnun eitilfrumukrabbameina, hvernig þeim er haldið við og hvernig umframerfðir geta stuðlað að lyfjaónæmi, allt eftir áhugasviði hvers nemanda. Neminn myndi t.d. læra að gera western blot, mótefnalitun og confocal smásjárskoðun, frumuræktun, rauntíma-PCR auk annarra sértækra aðferða sem tengjast umritunarstjórnun. Við myndum þróa verkefnið eftir áhugasviði nemandans.

Leiðbeinandi: Francois Singh, francois@hi.is lektor við Læknadeild

Statins are amongst the most prescribed medications globally and are unquestionably the most effective drugs for the prevention and treatment of CVD associated with dyslipidemia, but their use is increasingly associated with a wide spectrum of skeletal muscle and metabolic dysfunction. In addition to inhibition of HMG-CoA reductase, statins inhibit mitochondrial respiratory chain complexes I and III and promote cytotoxic levels of damaging reactive oxygen species (ROS) in glycolytic skeletal muscles. However, low dose statin prophylaxis is associated with beneficial effects of ROS-dependent pathways and mitochondrial hormesis in oxidative skeletal muscles. Muscle phenotype and mitochondrial content appears to underpin statin tolerance. The role of statins on mitophagy, is however still poorly understood. Our aim is first to define the mechanistic basis of how statins alter mitochondrial homeostasis by altering the balance between mitophagy and mitochondrial biogenesis in mammalian systems. Subsequently, we intend to enhance statin tolerance in cells by modulating mitochondrial homeostasis pharmacologically and genetically.

Sameindalíffræðingur-Frumulíffræðingur-Lífefnafræðingur

Leiðbeinandi: Óttar Rolfsson (ottarr@hi.is) prófessor við Læknadeild

Æðaþelið er örþunnt lag af frumum á innanverðum æðum sem tekur þátt í að miðla bólgusvari líkamans. Skert starfsemi æðaþels er eitt af því sem einkennir bráðasjúkdóma t.d. alvarlega áverka og bakteríu/veirusjúkdóma. Á sama tíma einkennast þessir sjúklingar af breyttum hormónabúskap.
Hver eru áhrif hormóna á starfsemi æðaþelsins og hvaða lífefnafræðilegu ferlar og erfðaþættir eru ráðandi í svari æðaþelsins við hormónaáreiti ?
Til að svara þessum spurningum er í boði krefjandi meistaraverkefni þar sem ætlunin er að nota samblöndu af frumuræktunartilraunum, sameindaerfðafræði og lífefnafræði til að ákvarða hvernig annarsvegar starfsemi  og hinsvegar efnaskipti æðaþels bregðast við hormónaáreiti. Meistaraneminn  mun öðlast hæfni í frumurækt, qPCR, siRNA niðurslætti, mótefnalitun og vinnu með flúorsmásjá, LCMS-efnagreiningartækni og gagnaúrvinnslu. Verkefnið er unnið í samstarfi við Rigshospitalet í Kaupmannahöfn.

Ef þú hefur áhuga á að taka þátt í þessu verkefni og byggja þér öflugan grunn í lífvísindarannsóknum skalt þú hafa samband við Óttar Rolfsson (ottarr@hi.is).

Leiðbeinandi: Óttar Rolfsson (ottarr@hi.is) prófessor við Læknadeild

Við leitum að metnaðarfullum MS nema í spennandi verkefni sem snýr að kortleggingu næringarefna og smásameinda í efnaskiptum nýbura með massagreiningu. Massagreining er efnagreiningaraðferð sem nýtist við greiningar á fjölbreyttum sameindum. Nemandinn mun taka þátt í aðferðafræðiþróun við greiningu á amínósýrum, fitusýrum og sykrum og fleiri næringarefnum með vökvaskilju tengdri háhraða massagreini (liquid chromatography-mass spectrometry). Þróaðar aðferðir verða sannreyndar með mælingum á blóði úr nýburum og plasma úr sjúklingum með fágæta efnaskiptasjúkdóma og bornar saman við núverandi mæliaðferðir. Þetta verkefni leggur grunninn að skimun á breyttum efnaskiptum í mannfólki og er liður í að uppfæra og bæta getu rannsakenda við HÍ til að stunda klínískar efnaskipta rannsóknir.
MS neminn mun öðlast hagnýta reynslu sem nýtist bæði til frekara framhaldsnáms og á vinnumarkaði m.a. almenna rannsóknarstofuvinnu við aðferðaþróun, massagreiningu og gagnaúrvinnslu.

Ef þú hefur hug á að taka þátt í þessu verkefni og byggja öflugan grunn í lífefnagreiningu máttu hafa samband við Ingva Karl Jónsson (ikj5(hjá)hi.is) og/eða Óttar Rolfsson ottarr(hjá)hi.is.

Leiðbeinandi: Berglind Ósk Einarsdóttir (boe@hi.is) dósent við Læknadeild

BRCA2 er mikilvægt prótein í DNA viðgerðarferli og bera arfberar BRCA2-999del5 5 basapara tap á annarri samsætu BRCA2 gensins, sem leiðir til þess að próteinið er aðeins tjáð frá einni samsætu. Áhrif þess á uppbyggingu utanfrumuerfðaefnis arfbera er ekki þekkt. Utanfrumuerfðaefni eru DNA sameindir sem eru til staðar t.d í blóði einstaklinga og eiga uppruna sinn í deyjandi frumum sem losa erfðaefni sitt út í umhverfið. Mælingar á utanfrumuerfðaefni hafa mikilvægt klínískt gildi t.d í snemmgreiningum á krabbameinsvexti og skilvirkni meðferða. Þess vegna er mikilvægt að skilgreina byggingu utanfrumuerfðaefnis í hópi BRCA2 arfbera, til að tryggja nákvæmni framtíðar mælinga. Markmið þessa verkefnis er því að framkvæma fjölþætta greiningu á utanfrumuerfðaefni BRCA2-999del5 arfbera. 
 
Í þessu verkefni verður safnað blóði frá BRCA2-999del5 arfberum og viðmiðunarhópi og utanfrumuerfðaefnið einangrað. Framkvæmd verður fjölþætt greining á erfðaefninu þar sem stærð, magn, metýlmynstur, og skemmdir verða mældar með viðurkenndum aðferðum. Nemandi mun sjá um meðhöndlun blóðsýna, mælingar sýna, úrvinnslu gagna og að kynna niðurstöður fyrir vísindasamfélaginu og almenning. Nemandinn mun vinna undir daglegri leiðsögn Berglindar en vera hluti af samstarfshóp um mælingar á fljótandi lífsýnum (Liquid biopsies) sem er samstarf milli sérfræðingar við Læknadeild HÍ og á Landspítala. Um er að ræða meistaraverkefni í líf- og læknavísindum eða í lífeindafræði.  

Leiðbeinandi: Linda Viðarsdottir (linda@hi.is) aðjunkt við Læknadeild
 
Osteosarcoma is an aggressive malignancy that predominantly affects children and young adults. Unfortunately, in the past three decades there have been no major breakthroughs in the treatment of osteosarcoma and the survival rate has reached a plateau. Therefore, there is an urgent need to further our understanding of the biology of osteosarcoma. In our group we aim to elucidate the function of noncoding RNAs. Recently we have observed that the expression of the long noncoding RNA FGD5-AS1 is correlated to survival in osteosarcoma patients. Upon FGD5-AS1 depletion we see an dramatic effect on the intracellular pathways; autophagy and endocytosis. Furthermore, we have shown that low FGD5-AS1 levels correlate with chemotherapeutic resistance in osteosarcoma cell line.  The project aims to understand how FGD5-AS1 is regulating these pathways and how it contributes to chemoresistance in osteosarcoma cell lines. 
We are seeking a enthusiastic student eager to acquire a range of laboratory techniques to join our group.

Leiðbeinandi: Gunnhildur Ásta Traustadóttir, PhD, gunasta@landspitali.is, aðjúnkt við Læknadeild

Prótíntengd lyf (e. drug conjugate) eru prótínsameindir, með áföstum lyfjum, sem hafa sértæka sækni í ákveðinn vaka sem finnst á yfirborði krabbameinsfruma. Þekktustu tegundir prótíntengdra lyfja eru mótefni með áföstum lyfjum (e. antibody drug conjugates) og eru þau þegar komin í klíníska notkun við meðferð krabbameina. Eitt helsta vandamálið við notkun þessara lyfja í krabbameinsmeðferð er hversu illa þau komast inn í krabbameinsæxli, aðallega vegna stærðar og lögunar. Vegna þessa hafa önnur prótíntengd lyf verið hönnuð, þar sem prótínsameindirnar eru minni og hagkvæmari í framleiðslu.
Þrívíð (3D) frumumódel líkja að mörgu leyti eftir krabbameinsæxlum í líkamanum og samspili þeirra við umhverfi sitt. Við höfum áður þróað þrívíddar frumumódel úr brjóstakrabbameinsfrumum og notað þetta módel til að meta hversu vel prótínsameind með sækni í viðtaka á yfirborði krabbameinsfrumanna kemst inn í frumumódelið. Í þessari rannsókn ætlum við að rannsaka getu annars konar prótínsameindar með sækni í krabbameinsfrumur og frumur ónæmiskerfisins í að virkja ónæmiskerfið gegn krabbameininu. Við munum nota þrívíða frumumódelið okkar með brjóstakrabbameinsfrumum til að meta hversu djúpt prótínsameindin, sem hefur sækni í annars vegar NK frumur og hins vegar viðtaka á krabbameinsfrumunum, kemst inn frumumódelið á ákveðnum tíma og við mismunandi styrk. Enn fremur munum við rannasaka hversu vel prótínsameindin getur virkjað ónæmisfrumur í að ráðast gegn krabbameinsfrumunum, miðað við sértækt mótefni.

Verkefnið er styrkt af Vísindasjóð Krabbameinsfélags Íslands https://www.krabb.is/visindasjodur/styrktar-rannsoknir/virkjun-onaemiske...

Leiðbeinandi: Guðjón Ólafsson, golafsson@hi.is lektor við Læknadeild

Í frumuskiptingu getur truflun á aðskilnaði litninga leitt til óstöðuleika og óeðlilegs fjölda litninga í dótturfrumum – eins og sést oft í krabbameinsfrumum. Þráðhaftið (centromere) er sá hluti litningsins sem myndar festu fyrir þráðhald (kinetochore), sem er stór próteinflóki sem tengist mítósuspólunni. Þótt virkni og stjórnun þráðhalds hafi verið ítarlega rannsökuð, er minni skilningur á því hvernig þráðhaftinu sjálfu er stjórnað í þessum ferlum.
Nýlegar rannsóknir hafa sýnt að umritun í þráðhafti, sem kóðar ekki fyrir próteinum, er vandlega stjórnað og er mikilvæg fyrir nákvæman aðskilnað litninga í mörgum lífverum. Hins vegar er lítið vitað um hvaða þættir taka þátt í þessu ferli. Gögn úr vísindaritum og tilraunum okkar benda til þess að umritunarþátturinn MITF (Microphthalmia-associated transcription factor) gæti tengst þráðhaftinu og stýrt umritun þess. Stökkbreytingar og misstjórnun á MITF eru algeng í sortuæxlisfrumum og óstöðuleiki litninga gegnir lykilhlutverki í framvindu, meinvarpi og lyfjaónæmi krabbameina. Verkefnið miðar að því að skilja betur hvaða hlutverk MITF gegnir í þráðhaftinu og með hvaða hætti það gæti leitt til óstöðuleika litninga í sortuæxlum.