Tveir aðstoðarrektorar starfa við Háskóla Íslands og eru þeir valdir úr hópi akademískra starfsmanna skólans. 

Aðstoðarrektorar eru í hlutastarfi, með rannsóknaskyldu, en rektor setur þeim erindisbréf þar sem umboð þeirra er skilgreint.

Aðstoðarrektor vísinda er Guðbjörg Linda Rafnsdóttir.

Aðstoðarrektor kennslumála og þróunar er Steinunn Gestsdóttir.