Fiskavistfræði (LÍF532M)

Yfirlit yfir breytileika fisktegunda, aðlagana  þeirra og áhrif vistkerfa á stofnstærð þeirra. Verkleg þjálfun verður bæði úti á vettvangi og á rannsóknarstofu. Meginatriði sem verður farið í eru: Flokkun fiska; bygging, líffæri og lykilaðlaganir að lífi í sjó og vatni; Áhrif umhverfis á dreifingu og fjölda fiska; Stofngerð og aðgreining innan samfélaga; Þættir sem stjórna dreifingu, fari, fjölda og aldurssamsetningu fiskistofna; Meginhópar sjávar og  ferskvatnsfiska á norðurhveli.

Skipulag og aðferðir í rannsóknum (LÍF128F)

Markmið er að veita nemendum í rannsóknarnámi, meistara og doktorsnemum, innsýn í hagnýt atriði varðandi námið, undirbúning og framkvæmd rannsókna og frágang gagna.

Farið verður í siðferðileg, hagnýt og tæknileg atriði er varða skyldur leiðbeinanda og umsjónar, skil á stöðuskýrslum, rannsóknaráætlun og stöðupróf, nemendaskipti. Skyldur og réttindi nemans gagnvart kennara og HÍ, skyldur kennara við nemanda, frágangur lokaritgerðar/greina, höfundar að útgefnu efni tengdu verkefninu, launa/styrkjamál á meðan á námi stendur. Öryggi á tilraunastofu, tryggingamál o.fl. tengdu öryggi nemenda. 

Undirbúningur og gerð styrkumsókna, sjóðir sem framhaldsnemendur geta sótt um styrki í. Frágangur gagna, greinaskrif, fyrirlestrar (framsaga og raddbeiting), gerð veggspjalda, atvinna að námi loknu og atvinnuviðtöl.

Uppbygging námsins: Fyrirlestrar umsjónaraðila, erindi gestafyrirlesara og umræðufundir, framsögur nemenda, útbúningur veggspjalda, yfirlestur og verkefnavinna.

Miðað er við að námskeiðið standi í 11 vikur á haustmisseri.

Lífmælingar (LÍF127F)

 Tölulegar aðferðir eru nauðsynlegur hluti margra greina líffræðinnar og nýtast við högun tilrauna og athugana, samantekt niðurstaðna og greiningu þeirra. Nemendur læra þessar aðferðir og meðhöndla fjölbreytt gögn úr líffræði, auk þess að fá þjálfun í að túlka niðurstöður mismunandi aðferða. Helstu aðferðir eru sennileikamat,  línuleg líkön, aðhvarf og fervikagreining og alhæfð línuleg líkön til að greina talningar. Fjölbreytugreining. Endursýnataka (skóþvengur og umröðunarpróf). Kennt verður að nota  tölfræðiforritið R til að framkvæma þær aðferðir sem fjallað er í fyrirlestrum.  Nemendur leysa verkefni sem byggja á líffræðilegum rannsóknum og fá ítarlega þjálfun í notkun R. Greining  á eigin gögnum eða viðameira gagnasetti sem tekið er saman í skýrslu og kynnt í fyrrlestri.

Námsmat: Verkefni 50%  og skriflegt próf 50%. Nemandi þarf að ná lágmarkseinkunn í báðum prófþáttum.

Vistfræði fiskveiða (LÍF129F)

Vistfræði fiskveiða er framhaldsnámskeið sem fjallar um ýmis núverandi og hagnýt viðfangsefni vistfræðinnar sem tengjast fiskveiðum. Nemendur kynnast aðferðum fiskveiðivísinda og stofnlíffræði í sjávar og ferskvatnslíffræði. Námskeiðið samanstendur af fyrirlestrum, lestri vísindagreina, umræðum um greinar og greiningu gagna tengdum fiskveiðum. Markmiðið er að kynna raunveruleg viðfangsefni fyrir nemendum og aðferðir til að vinna með raunveruleg gögn. Efni sem farið verður í:

• Magainnihald og töluleg greining á fæðu
• Mat á vexti, þroska og öðrum lífssöguþáttum í ólíkum stofnum
• Greining stofna og viðkvæmra skeiða í lífssögu einstaklinga
• Mat á hitaþoli fiska og viðbröðgðum þeirra við hita
• Aldursákvörðun, greining og mat á ævilengd
• Aðferðir til að meta náttúrulega dánartölu og heildardánartölu
• Líftöflugreiningar og einföld stofnalíkön
• Staðlaðar aðferðir við stofnstærðarmat.

Einkunnir eru byggð á verkefnaskilum, kynningum og þátttöku nemenda.

Aðferðir fyrir fiski, - sjávar- og vatnalíffræði rannsóknir (LÍF130F)

Kynntar verða mismunandi aðferðir og verkefni innan sjávar- og vatnalíffræði. Meðal aðferða sem kynntar verða eru: merkingar, aldur og vöxtur metinn út frá kvörnum og hreistri, útlitseinkenni, fæðugreiningar og gerðir fæðuvefja, notkun á samsætum og fitusýrum við greiningu fæðuvefja, stofnerfðafræði, eDNA og „metabarcoding“, efnafræði kvarna í stofngerð, líkön fyrir stofna, hitaferlar lesnir út frá setlögum, fjarkönnun, farritun (telemetry), notkun hljóðmerkja og bergmálstækni, greiningar á tegundafjölbreytileika, aðferðir í tilraunum, líkanagerð fyrir vistkerfi og þróun lífvera, aferli, sameindaerfðafræði aðferðir fyrir mat á erfðabreytileika og eiginleikum og virkni lífvera. Í námskeiðinu verður farið yfir fræðilegar nálganir við notkun mismunandi aðferða, lýsingar á mismunandi aðferðum kostum þeirra og göllum. Farið verður yfir dæmi um notkun og niðurstöður mælinga skoðaðar. Enn fremur verður farið yfir hvernig mismunandi aðferðir geti nýst við lausn hliðstæðra spurninga við rannsóknir á mismunandi lífveruhópum eða vistkerfum.

Sjávarvistfræði (LÍF201M)

Í námskeiðinu verður fjallað um uppbyggingu og virkni sjávar- og vatnavistkerfa. Auk þess verður áhersla á haffræði, eðlis- og efnafræði sjávar og vatna, einkenni búsvæða og lífríkis á norðlægum breiddargráðum, næringarefnaferla, fæðukeðjur, líffræðilega fjölbreytni, samfélagsvistfræði og búsvæðanýtingu. Farið verður yfir nýtingu stofna í sjó og ferskvatni hérlendis. Feltferðir, verkefni og dæmatímar kynna nemendur fyrir vistkerfum sjávar, ferskvatns og fjörunnar. Verkefnin eru byggð upp með rannsóknaráherslum, út frá vísindalegum tilgátum, beitingu aðferða við öflun gagna og úrvinnslu. Nemendur rita einnig ritgerð um tiltekið efni innan fagsins og halda erindi um það fyrir kennara og samnemendur.

Vistfræði djúpsjávarins (LÍF055M)

Námskeið um lífríki minnst kannaða hluta úthafana miðsjóinn (e. mesopelagic). Sem er líklega minst nýtta auðlind plánetunar. Fiskar í miðsjónum eru mögulega mikilvægir fyrir svörun vistkerfa hafanna við loftslagsbreytingum, þar sem margar tegundir þeirra ferðast langan veg, flytja kolefni milli svæða og í djúpsjóinn.

Námskeiðið verður kennt á einni viku í maí 2023, í samstarfi við sérfræðinga SUMMER verkefnisins og Hafrannsóknarstofunar, ráðgjafastofnunar hafs og vatna, og Háskóla Íslands. Sérfræðingar þessara þriggja stofnanna munu kenna á námskeiðinu og fjallar það um rannsóknir á þessu sérkennilega og vanrannsakað svæði hafsins og lífverunum sem búa þar.

Námskeiðið samanstendur af fyrirlestrum sérfræðinga í faginu, erlendra en einnig innlendra. Umræðufundir verða um tiltekin viðfangsefni, auk vinnu á rannsóknarstofu með fiska úr miðsjónum, þar sem unnið verður að greiningum og mælingum. Einnig verður fjallað um sjávarspendýr sem eru stærstu rándýr sem nýta miðsjóinn.

Lokaverkefni (LÍF441L)

Námskeiðslýsing:

• Efni lokaverkefnis skal valið í samráði við leiðbeinanda (leiðbeinendur). Lokaverkefnið er 90 (60 eða 30) einingar. Að öllu jöfnu tekur undirbúningur og vinna lokaverkefnis þrjú (tvö eða eitt) misseri.
• Sérhver meistaranemi hefur umsjónarkennara og leiðbeinanda (getur verið sami einstaklingur innan námsbrautar í líffræði) sem leiðbeinir um skipulag náms og verkefnis. Meistaranefnd skal einnig innihalda a.m.k. einn annan sérfræðing á viðkomandi fræðsviði. Aðalleiðbeinandi getur verið utan HÍ en þá skal vera í nefndinni umsjónarkennari úr hópi fastra kennara námsbrautar.
• Val viðfangsefnis rannsóknar er á ábyrgð nemandans en í samráði við leiðbeinanda (og í tilfellum umsjónarkennara). Verkefnið skal tengjast viðfangsefni eða sérhæfingu í líffræði.
• Próf lokaverkefnis skiptist í tvo hluta: Munnlegt próf og opinberan fyrirlestur.
• Viðstaddir í munnlegu prófi er nemandi, leiðbeinandi, prófdómari og meðlimir meistaranámsnefndar. Nemandinn heldur þar stutta kynningu um verkefnis sitt. Mikilvægt er að markmið og rannsóknarspurning(ar) komi skýrt fram, helstu niðurstöður og ályktanir sem draga má af verkefninu.
• Samkvæmt reglum meistaranám sviðsins þurfa allir nemendur sem hyggjast brautskrást frá Verkfræði- og náttúruvísindasviði að halda opinberan fyrirlestur um lokaverkefnið sitt. Haldnir eru 3 meistaradagar á sviðinu á ári eða fyrir hverja brautskráningu þar sem nemendur kynna verkefnin sín með opinberum fyrirlestri.
• Skila þarf rafrænu eintaki af lokaverkefni í Skemmuna (www.skemman.is) sem er stafrænt varðveislusafn lokaverkefna við alla háskóla á Íslandi. 
• Samkvæmt reglum Háskóla Íslands eiga allar MS ritgerðir að vera öllum aðgengilegar (opið aðgengi) þegar þeim hefur verið skilað inn í Skemmuna.

Hæfniviðmið:

Eftir skil ritgerðar og MS-próf á nemandi að búa yfir ákveðinni færni á sviði líffræði, eða sérstaks undirfags hennar. Vísað er til almennra hæfniviðmiða fyrir MS námið. Í stuttu máli, á nemandinn á að geta:

- Mótað rannsóknarspurningu/tilgátu

- Beitt viðeigandi kenningaramma til að varpa ljósi á viðfangsefni sitt

- Nýtt hefðbundnar aðferðir til þess að svara tiltekinni rannsóknarspurningu

- Dregið saman þekkingu á fræðasviðinu og unnið rannsókn sem felur í sér framlag til þess

- Aflað gagna, gagnrýnt þau og túlkað

- Metið umfang rannsóknarefnis og skipulagt vinnu sína í samræmi við það

- Sett fram rannsóknaniðurstöður, rökstutt þær og tengt við stöðu þekkingar

- Dregið ályktanir af ófullkomnum gögnum og gert grein fyrir takmörkunum rannsóknar sinnar

Rannsóknir í vist- og þróunarfræði (LÍF119F)

Framhaldsnemar í vist- og þróunarfræði hittast einn tíma á viku ásamt einum eða fleiri kennurum. Nýdoktorar og sérfræðingar á sviðinu eru einnig velkomnir. Þátttakendur kynna verkefni sem þeir fást við eða greinar á fræðasviðinu.   Í síðasta lagi viku fyrir hvern tíma skal benda á grein eða annað efni sem tengist umræðuefni tímans. Rannsóknagreinar eru valdar í samráði við kennara. Möguleiki er einnig að velja bók eða bókarkafla.   Efni fyrirlestra og greina verður rætt og krufið af þátttakendum. Nemendur fá þjálfun í að kynna verkefni sín og ræða vísindagreinar.

Námskeiðið er kennt bæði á vor- og haustmisseri og mælt er með að hver nemandi taki fullan þátt í því í fjögur misseri og fái þá metnar 2 e (2 ECTS) fyrir hvert misseri, alls 8e (8 ECTS).

Rannsóknir í sameindalíffræði og lífefnafræði (LÍF114F)

Námskeiðið er fyrir framhaldsnema og mikilvægur hluti af námi fyrir alla framhaldsnema á sviði sameindalíffræði. Námskeiðið skiptist í tvo meginhluta; kynningu á rannsóknargrein (journal club) og kynningu á rannsóknarverkefni nemandans (work in progress). Í kynningu rannsóknargreina velja nemar nýlega grein um áhugavert rannsóknarefni og kynna markmið og niðurstöður greinarinnar. Markmið er að læra að lesa greinar á gagnrýninn hátt og kynna fyrir öðrum. Nemendur eru spyrlar á kynningu greinar sem aðrir nemendur hafa valið. Ætlunin er að auka gagnrýna hugsun nemandans hvað varðar markmið rannsókna og aðferðir til að ná þeim. Í verkefniskynningu á nemandinn að kynna verkefni sitt með megináherslu á markmið verkefnisins, inngang, aðferðir sem eru notaðar, niðurstöður og áætlað áframhald í verkefninu. Markmið þessa er að nemandinn læri að segja frá verkefni sínu skýrt og skipulega. Verkefniskynningin leiðir oft til lausna á vandamálum sem upp hafa komið, vegna hugmynda og athugasemda frá öðrum nemendum og kennurum.

Námskeiðið er kennt á ensku bæði á haust- og vormisseri. Nemandinn má taka námskeiðið fjórum sinnum sem gefur samanlagt 8 ECTS.

Mætingaskylda er í námskeiðið.

Aðferðir í sameindalíffræði (LÍF118F)

Fyrirlestrar: Fræðilegur bakgrunnur helstu aðferða sameindalíffræðinnar og notkun þeirra við rannsóknir. Námsefni lagt fram af kennurum. Verklegar æfingar í sameindalíffræði: Tilraunalífverur; E.coli, S. cerevisiae, C. reinhardtii, A. thaliana, C. elegans, D. melanogaster, M. musculus. Vinnubækur og vinnuseðlar, rafrænt umhverfi. Ræktun og geymsla á bakteríum, sveppum, öðrum heilkjarna lífverum og frumum þeirra. Einangrun og greining á DNA og RNA, Southern og Northern blettun. PCR, RT-PCR, qRT-PCR, skerðiensím, raðgreining á DNA, gagnavinnsla og greining. Genaferjun og önnur erfðatækni í bakteríum, sveppum og öðrum heilkjörnungum. Framleiðsla, einangrun og greining próteina. Framleiðsla og notkun mótefna. Western blettun, ónæmislitun, geislavirkni. Notkun smásjár í sameindalíffræði.  Farið verður yfir aðferðafræði í nýlegum vísindagreinum. Ritgerðarverkefni: Ritgerð og erindi um valda aðferð. Ritun styrkumsóknar og hönnun tilrauna. Unnið sem hópverkefni framhaldsnema og lýkur með fyrirlestri og skilum á styrkumsókn.

Námskeið til meistaraprófs í líffræði (LÍF112F)

Kennarar velja í samráði við nemanda safn af vísindaritgerðum, yfirlitsritgerðum og bókarköflum um efni sem tengist sérsviði sem rannsóknarverkefni hans fjallar um en skarast ekki við það. Nemandi og kennari hittast vikulega til þess að ræða efni ritgerða sem lesnar hafa verið. Námskeiðinu lýkur með ritgerð og munnlegu prófi í lestrarefninu þar sem umsjónarkennari eða kennari úr umsjónarnefnd er prófdómari.

Mannerfðafræði (LÍF513M)

Fyrirlestrar: Erfðaháttur og ættartré. Skipulag erfðaefnis mannsins. Litningar, litningabreytingar, litningagallar. Staðsetning gena. Sambandsgreining /Tölfræðileg nálgun. Erfðagreining. Flóknir erfðagallar, erfðir og umhverfi. Erfðir og krabbamein. Genalækningar. Þróun mannsins og skyldra tegunda. Siðferðileg efni tengd mannerfðafræði, upplýst samþykki og persónuupplýsingar. Gert er ráð fyrir að nemendur hafi almenna undirstöðu í erfðafræði.

Verklegt: Túlkun gagna úr erfðagreiningingum, unnið með tjáningargögn, greining gagna úr litningalitunum, unnið með gögn úr kortlagningu á erfðaþáttum.

Umhverfisfræði (LÍF516M)

Landnýting. Ólífrænar auðlindir, nýting og umhverfisáhrif. Sjálfbær þróun. Líffræðileg fjölbreytni í tíma og rúmi. Eyðing búsvæða, útdauði og válistar. Ágengar tegundir. Jarðvegur og eyðimerkurmyndun. Verndun landslags og víðerna. Siðfræði og saga náttúruverndar, íslensk náttúruverndarlöggjöf. Hagnýting vistfræðilegrar þekkingar til að leysa umhverfisvandamál, vistheimt, mat á umhverfisáhrifum framkvæmda, rammaáætlun um vernd og nýtingu náttúrusvæða. Hnattrænar loftslagsbreytingar. Ein dagsferð á laugardegi í september. Nemendafyrirlestrar.

Fiskavistfræði (LÍF532M)

Yfirlit yfir breytileika fisktegunda, aðlagana  þeirra og áhrif vistkerfa á stofnstærð þeirra. Verkleg þjálfun verður bæði úti á vettvangi og á rannsóknarstofu. Meginatriði sem verður farið í eru: Flokkun fiska; bygging, líffæri og lykilaðlaganir að lífi í sjó og vatni; Áhrif umhverfis á dreifingu og fjölda fiska; Stofngerð og aðgreining innan samfélaga; Þættir sem stjórna dreifingu, fari, fjölda og aldurssamsetningu fiskistofna; Meginhópar sjávar og  ferskvatnsfiska á norðurhveli.

Örverufræði II (LÍF533M)

Markmið námskeiðsins er að þjálfa nemendur í sjálfstæðum vinnubrögðum við rannsóknir og að kynna fyrir þeim hagnýt viðfangsefni er tengjast örverum. Námskeiðið er þrískipt. Í fyrsta hlutanum, viku 1-5, kynnast nemendur lífríki hverasvæða og vinna rannsóknarverkefni. Þeir munu safna sýnum og vinna sjálfstætt að einangrun, greiningu og lýsingu á bakteríustofnum.

Í öðrum hluta námskeiðsins verður fjallað um ýmis sérsvið líftækni og hvernig þau mótast vegna framfara og aukinnar þekkingar í örverufræði, erfðatækni og lífefnafræði. Tekið verður mið af íslenskum líftæknirannsóknum og farið í nýjungar í líftæknilegri aðferðafræði á eftirfarandi sviðum: Fjölbreytileiki og framleiðsla lífefna í örverum; skimunartækni (bioprospecting); hitkærar örverur, sjávarbakteríur og örþörungar, lífmassanýting (áhersla á þang og plöntulífmassa), lífmassaver (biorefineries), ensímtækni (fjölsykrusundrandi- og sykruumbreytingar-ensím), efnaskiptaverkfræði (erfðatækni, erfðamengjafræði; endurhönnun og betrumbætur efnaskiptaferla með erfðatækni), orkulíftækni (hönnun og endurbætur gerjunarferla með erfðatækni). Ræktunartækni og gersveppur sem framleiðslulífvera verða kynnt sérstaklega í verklegum tímum við bruggun á bjór.

Í þriðja hluta námskeiðsins er lögð áhersla á umhverfisörverufræði, sýnatökur, örverusamfélög og örveruþekjur, örverur í sjó, vatni og á þurru landi, loftgæði innanhúss og áhrif sveppa. Fjallað verður um sýkla í umhverfinu, áhættumat og eftirlit, líffræðilega hreinsun með hjálp örvera, metanframleiðslu og hlýnun jarðar. Farið verður í vettvangsferðir í sorphreinsistöðvar og skólphreinsistöðvar. Nemendur lesa og kynna efni sérvalinna rannsóknargreina í umræðutímum.

Fyrir utan kennslu á stundaskrá er gert ráð fyrir kennslu einn laugardag nálægt mánaðamótum september/október.

Sýklafræði (LÍF536M)

Fyrri hluti námskeiðsins byggir að stærstum hluta á fyrirlestrum nemenda. Nemendur munu velja viðfangsefni í fyrsta tíma námskeiðsins, lesa vísindagreinar því tengdu (sem kennari útdeilir) og flytja um það fyrirlestur. Áhersla verður lögð á sameindalíffræði veira og veirusýkinga. Nemendur skrifa að auki stutta samantekt um efni fyrirlestrar.

Í seinni hluta námskeiðsins, lotum 2-4, tekur við kennsla um ólíka sýklahópa. Fjallað verður um sveppi og sníkjudýr, bakteríusýkla og bakteríusjúkdóma, veirur og veirusjúkdóma. Fyrir hvern sýklahóp verður farið yfir helstu sjúkdómsvalda er sýkja menn, náttúruleg heimkynni þeirra og smitleiðir. Einnig um smitsjúkdóma af þeirra völdum, einkenni, greiningu, meðferð og fyrirbyggjandi aðgerðir. Á námskeiðsvef og glærum kennara kemur fram nákvæm útlistun á því efni sem nemendur eiga að tileinka sér. Boðið verður upp á fjölmörg æfingapróf sem nemendur geta spreytt sig á og umræðufund í lok námskeiðsins Þessi yfirferð er sameiginleg með námskeiði fyrir nemendur í hjúkrunarfræði (LÍF110G).  

Lokaverkefni (LÍF441L)

Námskeiðslýsing:

• Efni lokaverkefnis skal valið í samráði við leiðbeinanda (leiðbeinendur). Lokaverkefnið er 90 (60 eða 30) einingar. Að öllu jöfnu tekur undirbúningur og vinna lokaverkefnis þrjú (tvö eða eitt) misseri.
• Sérhver meistaranemi hefur umsjónarkennara og leiðbeinanda (getur verið sami einstaklingur innan námsbrautar í líffræði) sem leiðbeinir um skipulag náms og verkefnis. Meistaranefnd skal einnig innihalda a.m.k. einn annan sérfræðing á viðkomandi fræðsviði. Aðalleiðbeinandi getur verið utan HÍ en þá skal vera í nefndinni umsjónarkennari úr hópi fastra kennara námsbrautar.
• Val viðfangsefnis rannsóknar er á ábyrgð nemandans en í samráði við leiðbeinanda (og í tilfellum umsjónarkennara). Verkefnið skal tengjast viðfangsefni eða sérhæfingu í líffræði.
• Próf lokaverkefnis skiptist í tvo hluta: Munnlegt próf og opinberan fyrirlestur.
• Viðstaddir í munnlegu prófi er nemandi, leiðbeinandi, prófdómari og meðlimir meistaranámsnefndar. Nemandinn heldur þar stutta kynningu um verkefnis sitt. Mikilvægt er að markmið og rannsóknarspurning(ar) komi skýrt fram, helstu niðurstöður og ályktanir sem draga má af verkefninu.
• Samkvæmt reglum meistaranám sviðsins þurfa allir nemendur sem hyggjast brautskrást frá Verkfræði- og náttúruvísindasviði að halda opinberan fyrirlestur um lokaverkefnið sitt. Haldnir eru 3 meistaradagar á sviðinu á ári eða fyrir hverja brautskráningu þar sem nemendur kynna verkefnin sín með opinberum fyrirlestri.
• Skila þarf rafrænu eintaki af lokaverkefni í Skemmuna (www.skemman.is) sem er stafrænt varðveislusafn lokaverkefna við alla háskóla á Íslandi. 
• Samkvæmt reglum Háskóla Íslands eiga allar MS ritgerðir að vera öllum aðgengilegar (opið aðgengi) þegar þeim hefur verið skilað inn í Skemmuna.

Hæfniviðmið:

Eftir skil ritgerðar og MS-próf á nemandi að búa yfir ákveðinni færni á sviði líffræði, eða sérstaks undirfags hennar. Vísað er til almennra hæfniviðmiða fyrir MS námið. Í stuttu máli, á nemandinn á að geta:

- Mótað rannsóknarspurningu/tilgátu

- Beitt viðeigandi kenningaramma til að varpa ljósi á viðfangsefni sitt

- Nýtt hefðbundnar aðferðir til þess að svara tiltekinni rannsóknarspurningu

- Dregið saman þekkingu á fræðasviðinu og unnið rannsókn sem felur í sér framlag til þess

- Aflað gagna, gagnrýnt þau og túlkað

- Metið umfang rannsóknarefnis og skipulagt vinnu sína í samræmi við það

- Sett fram rannsóknaniðurstöður, rökstutt þær og tengt við stöðu þekkingar

- Dregið ályktanir af ófullkomnum gögnum og gert grein fyrir takmörkunum rannsóknar sinnar

Rannsóknir í sameindalíffræði og lífefnafræði (LÍF223F)

Námskeiðið er fyrir framhaldsnema og mikilvægur hluti af námi fyrir alla framhaldsnema á sviði sameindalíffræði. Námskeiðið skiptist í tvo meginhluta; kynningu á rannsóknargrein (journal club) og kynningu á rannsóknarverkefni nemandans (work in progress). Í kynningu rannsóknargreina velja nemar nýlega grein um áhugavert rannsóknarefni og kynna markmið og niðurstöður greinarinnar. Markmið er að læra að lesa greinar á gagnrýninn hátt og kynna fyrir öðrum. Nemendur eru spyrlar á kynningu greinar sem aðrir nemendur hafa valið. Ætlunin er að auka gagnrýna hugsun nemandans hvað varðar markmið rannsókna og aðferðir til að ná þeim. Í verkefniskynningu á nemandinn að kynna verkefni sitt með megináherslu á markmið verkefnisins, inngang, aðferðir sem eru notaðar, niðurstöður og áætlað áframhald í verkefninu. Markmið þessa er að nemandinn læri að segja frá verkefni sínu skýrt og skipulega. Verkefniskynningin leiðir oft til lausna á vandamálum sem upp hafa komið, vegna hugmynda og athugasemda frá öðrum nemendum og kennurum.

Námskeiðið er kennt á ensku bæði á haust- og vormisseri. Nemandinn má taka námskeiðið fjórum sinnum sem gefur samanlagt 8 ECTS.

Mætingaskylda er í námskeiðið.

Rannsóknir í vist- og þróunarfræði (LÍF229F)

Framhaldsnemar í vist- og þróunarfræði hittast einn tíma á viku ásamt einum eða fleiri kennurum. Nýdoktorar og sérfræðingar á sviðinu eru einnig velkomnir. Þátttakendur kynna verkefni sem þeir fást við eða greinar á fræðasviðinu.   Í síðasta lagi viku fyrir hvern tíma skal benda á grein eða annað efni sem tengist umræðuefni tímans. Rannsóknagreinar eru valdar í samráði við kennara. Möguleiki er einnig að velja bók eða bókarkafla.  Efni fyrirlestra og greina verður rætt og krufið af þátttakendum. Nemendur fá þjálfun í að kynna verkefni sín og ræða vísindagreinar.

Námskeiðið er kennt bæði á vor- og haustmisseri og mælt er með að hver nemandi taki fullan þátt í því í fjögur misseri og fái þá metnar 2 e (2 ECTS) fyrir hvert misseri, alls 8e (8 ECTS).

Námskeið til meistaraprófs í líffræði (LÍF217F)

Kennarar velja í samráði við nemanda safn af vísindaritgerðum, yfirlitsritgerðum og bókarköflum um efni sem tengist sérsviði sem rannsóknarverkefni hans fjallar um en skarast ekki við það. Nemandi og kennari hittast vikulega til þess að ræða efni ritgerða sem lesnar hafa verið. Námskeiðinu lýkur með ritgerð og munnlegu prófi í lestrarefninu þar sem umsjónarkennari eða kennari úr umsjónarnefnd er prófdómari.

Frumulíffræði II (LÍF614M)

Áherslan er á rannsóknagreinar. Nýlegar rannsóknir á ýmsum sérsviðum frumulíffræði verða til umfjöllunar og er það breytilegt hverju sinni. Fyrir hvern fyrirlestur eru lagðar mest fram þrjár greinar.

Hver nemandi hefur framsögu um eina nýlega rannsóknargrein þar sem ítarlega er gert grein fyrir aðferðum og niðurstöðum. Nemandinn skrifar ritgerð um rannsóknargreinina og ræðir túlkun niðurstaðna á gagnrýninn hátt.

Dæmi um sérsvið sem hefur verið fjallað um: Náttúrulegt ónæmi, príon, pontin og reptin próteinin, skautun þekjufruma, þroskun loftæða, gagnagreining á genatjáningargögnum, sjálfsát, uppruni kjarnans.

Gróðurríki Íslands og jarðvegur (LÍF615M)

Kennt á móti LÍF 606M og ráða skráningar hvort námskeiðið er kennt. Íslenska háplöntuflóran; samsetning, fjölbreytni, staða í flóruríki jarðar. Heimskautaflóran: uppruni, kerfisfræði, vistfræði. Líflandafræði flórunnar við Norður Atlantshaf. Ísöld á norðurhveli, ísaldarlok á Íslandi og í Evrópu og gróðursaga á nútíma. Tilgátur um aldur og uppruna íslensku flórunnar og heimskautaflóru á norðurhveli. Íslenskur jarðvegur; myndun, sérkenni, eyðimerkurmyndun. Gróðurbreytingar eftir landnám. Flóra Íslands og útbreiðsla um landið, búsvæði og líffræðileg fjölbreytni. Válistategundir. Aðferðir til að lýsa og flokka gróður. Íslensk gróðurlendi: flokkun, útbreiðsla, umhverfi og nýting. Verkleg kennsla fer að hluta til fram að sumari til: 4 daga sumarnámskeið.

Fuglafræði (LÍF619M)

Fyrirlestrar: Flokkun, bygging og starfsemi fugla. Fæða, varphættir, far, útbreiðsla, fuglafána Íslands. Stofnvistfræði fugla. Nýting og vernd. Æfingar: Kynning á helstu ættum, ákvörðun tegunda. Aðferðir við rannsóknir á líkamsástandi og fæðu. Skoðunarferðir um Suðvesturland til kynningar á tegundum og umhverfi. Ferðirnar eru á kennslumisseri og eftir próftíma í maí. Kynning á aðferðum: Útbreiðsla og búsvæði, talningar, varphættir, atferli, merkingar.

Sameindaerfðafræði (LÍF644M)

Fyrirlestrar: Sameindagrunnur lífsins (efnatengi, lífefni, bygging stórsameinda DNA, RNA og próteina). Efðamengi dreifkjörnunga og heilkjörnunga. Skipulag erfðaefnisins, litningar, litni og litnisagnir. Stjórn DNA eftirmyndunar og frumuhringsins. DNA eftirmyndun. Aðskilnaður litninga og frumuskipting. Umritun. Stjórn umritunar. Verkun RNA sameinda. Þýðing mRNA í prótein. Stjórnkerfi þýðingar. Hlutverk RNA sameinda í stjórn genatjánigar. Prótein-umbreytingar og umferðarstjórn innan frumna. DNA skemmdir, varðstöðvar og DNA viðgerðir. Endurröðun og viðgerðir á tvíþátta DNA brotum. Stökklar og staðbundin endurröðun. Helstu aðferðir sameindalíffræðinnar og tilraunalífverur.

Umræðutímar: Nemendur hafa framsögu um og ræða valdar rannsóknagreinar og skila inn útdrætti úr greininni.

Verklegar æfingar: Unnið verður að verkefni í sameindaerfðafræði sem tengist rannsóknum kennara og býður upp á notkun helstu aðferða sameindaerfðafræðinnar svo sem genaferjun, DNA mögnun og raðgreiningu, ummyndun og einangrun plasmíða, skerðikortlagningu, og rafdrátt bæði kjarnsýra og próteina.

Próf: Verklegt 10%, umræðufundir og skrifleg verkefni 15%, skriflegt próf 75%.

Erfðamengja- og lífupplýsingafræði (LÍF659M)

Erfðamengjafræði og lífupplýsingafræði samþættast á margvíslega vegu. Erfðatækni opnaði möguleika á raðgreiningu erfðamengja, greiningum á tjáningar- og prótínmengjum. Með raðgreiningum á erfðamengjum þúsundum lífvera opnast möguleikar á að nýta upplýsingarnar til að öðlast þekkingu og skilning á líffræðilegum fyrirbærum. Samanburðaraðferð þróunarkenningar Darwins er fræðilegur grundvöllur fyrir greiningar á slíkum upplýsingum. Sameiginlegir eiginleikar varðveittir í mismunandi lífverum eiga sér grunn í varðveittum hlutum erfðamengja. Að sama skapi liggja rætur nýjunga í svipfari oft í hlutum erfðamengja sem eru mismunandi á milli tegunda. Það á jafnt við um eiginleika dýra, plantna, örvera og fruma, þroskunar og ensímkerfa.

Námskeiðið fjallar um hugmyndafræði og aðferðafræði til samanburðar, um greiningu erfðamengja einstakra lífvera (genomics), umhverfiserfðamengja (metagenomics) og tjáningarmengja (transcriptome) til að svara líffræðilegum, læknisfræðilegum og hagnýtum spurningum. Fyrirlestrar verða um, byggingu og raðgreiningu erfða-, tjáningar- og prótínmengja, sameindaþróun, ólíkar gerðir lífupplýsinga, gagnagrunna, skeljaforrit, inngang að python og R umhverfinu, keyrslu forrita og breytingar á þeim. Æfingar: Sækja gögn í gagnagrunna, Blast, samraðanir og pússlun mengja, samanburður erfðamengja tegunda og greining erfðabreytileika innan tegunda. Unnið verður með gagnagrunna, m.a. flybase, Genebank, ENSEMBL og E.coli. Gögn verða sótt með Biomart og Bioconductor, og fjallað um áreiðanleika gagna í gagnagrunnum. Kynnt verða algrímar er liggja til grundvallar leitar-forrita og forrit kynnt sem hægt er að keyra yfir vefinn, grunnatriði Python-forritunar, opinn hugbúnaður á UNIX/Linux, uppsetning hugbúnaðar af vefnum á eigin tölvum. Greining gagna úr RNA-seq, RADseq og heilraðgreiningum.

Nemendur vinna smærri og stærri verkefni og skila, og kynna munnlega niðurstöður úr stóra verkefninu. Í umræðufundum verða frumheimildir ræddar.

Aðferðir í ónæmisfræði (LÆK071F)

Námskeiðið er ætlað nemendum í meistara og doktorsnámi í ónæmisfræði, frumu- og sameinalíffræði, lífefnafræði, lyfjafræði eða skyldum greinum. Í námskeiðinu verður farið yfir helstu aðferðir sem notaðar eru við rannsóknir á ónæmiskerfinu og starfsemi þess, s.s. mótefnagreinar (RIA, ELISA, gelútfellingar, mótefnaútfellingar, immunoadsorption, mótefnaþrykk), frumueinangrun (þéttnistigull/síun, viðloðun, FACS og MACS), virknipróf (frumufjölgun, T-frumuvirknipróf, B-frumuvirknipróf, átfrumupróf), boðefnamælingar (ELISPOT, ELISA, CBA, Luminex) og vefjalitanir (undirbúningur vefja, flúrskinslitun, ensímlitun).

Kennsla fer fram í formi yfirlitsfyrirlestra (3 x 3) og verklegra æfinga (3 x 8) sem verða haldnar á laugardögum.

Fyrirlestrar og leiðbeiningar í verklegu fara fram á ensku ef þess er þörf.

Vinnustofa: Lífupplýsingafræði, frá skipanalínu til erfðamengja (LÍF056M)

4 daga vinnustofa.

Námskeiðið byggt á undirstöðum lífupplýsingafræði. Gestakennari frá BNA kemur og fer yfir nokkur grundvallaratriði.

Skipanalínan, möppur og einfaldar aðgerðir í linux.

Nota tölvuklasa (Elja),

R (tidyverse),

og python (conda environments).

Dæmin byggja á samanburði erfðamengja (e. comparative genomics) og greiningum á þróun tiltekinna genafjölskylda (e. gene families).

Jákvætt og hreinsandi val, tap og tvöfaldanir á genum.

Sníkjudýrafræði (LÍF247F)

Námskeiðið fjallar um sníkjudýr dýra og samskipti hýsils og sníkjudýra í vistfræðilegu samhengi. Í fyrri hluta námskeiðsins (vikum 1 til 6) verða nemendur kynntir helstu hópar sníkjudýra með áherslu á: (1) form og virkni; (2) þróun; (3) almenna lífsferla; (4) líffræðileguan fjölbreytileika; (5) og þróunarfræðileg tengsl og flokkunarfræði. Í seinni hluta námskeiðsins (vikum 7 til 14) verður sjónum beint að vistfræði og þróun víxlverkana hýsils og sníkjudýra, áhrifum sníkjudýra á hýsila sína og vistkerfi, og hvernig sníkjudýr aðlagast breyttu umhverfi.

Fyrirlestrar (4 x 40 mínútur á viku) verða úr efni kennslubókar og viðbótarheimildum og til viðbótar þeim vera umræðufundir (2 x 40 mínútur) þar sem farið verður í viðbótarefni úr kennslubókum og vísindagreinum.  Í hverri viku munu nemendur lesa 5 vísindagreinar og mun einn úr  hópnum kynna efni hverrar þeirra í stuttu máli (á 3-5 mínútum). Að því loknu verður efni greinarinnar rætt í u.þ.b. 10-15 mínútur.

Í verklegum hluta námskeiðsins verður sjónum beint að aðferðum í sníkjudýrafræði. Í vettvangsferð (helgarferð) munu nemendur safna sníkjudýrum og æfa mismunandi aðferðir eins og slím-, blóð- og saurstrok og litun sýna með aðstoð kennslumyndbanda. Í lok námskeiðs mun hver nemandi mun skila eigin smásjárglerjum og greiningum á sníkjudýrum í þeim og verður námsmat í lok annar að hluta til byggt á þeim.

Nemendum verða kynntar mikilvægar fræðigreinar í sníkjudýrafræði með ritgerðar- og málstofuverkefnum um valin efni sem bæta við það sem fjallað er um í fyrirlestrum. Mástofan og ritgerðarvinnan mun miða að því að efla gagnrýna hugsun og skilning á heildarsamhengi viðfangefnanna.

Lokaverkefni: verkefnastjórnun, ritfærni og kynning (VON001F)

Námskeiðið fjallar um inngang að vísindalegum aðferðum, siðfræði vísinda í háskólasamfélaginu. Einnig verður farið í hlutverk nemanda, leiðbeinanda og prófdómara. Tekin verða fyrir árangursrík og heiðarleg samskipti sem og gerð fræðilegrar umfjöllunar með notkun gagnasafna og réttri heimildanotkun. Gerð rannsóknaráætlunar og rannsóknaðferðir verða kynntar og einnig hagnýt framsetning tölulegra gagna. Farið verður í verklag við gerð fræðiritgerða, hvernig skipta á stóru verkefni niður í smærri einingar, gerð áætlunar og tímalínu og hvernig á að fylgja þeim. Lífið eftir brautskráningu og vinnumarkaðurinn.