Meistarafyrirlestur í lífefnafræði - Sveinn Bjarnason

Meistaranemi: Sveinn Bjarnason

Heiti verkefnis: Eiginleikar SLPI, próteasa hindra úr Streptomyces lividans og bindieiginleikar þess við subtilasa

___________________________________________

Deild: Raunvísindadeild

Leiðbeinendur: Magnús Már Kristjánsson og Kristinn R. Óskarsson

Prófdómari: Ólafur Þór Magnússon

Ágrip

Markmið verkefnisins var að skilgreina bindingu próteasa hindra við samstofna próteasana VPR og AQUI sem eru subtilisin líkir próteasar úr kuldakærri Vibrio tegund og hitakærri Thermus aquaticus. Nokkrir varmafræðilegir bindifastar voru ákvarðaðir, meðal annars bindihlutföll, klofningsfastar (Kd) og fríorka (ΔG), vermi (ΔH) og óreiðu (ΔS) breytingar við bindingu. Markmiðið var að kanna hvort þessir fastar myndu breytast, og endurspegla mismunandi varmafræðilega drifkrafta bindingar við þessa tvo próteasa sem hafa aðlagaðst að mjög mismunandi hitastigum. Til að ákvarða þessa fasta þurfti hentugan hindra. Margir meðlimir Streptomyces fjölskyldunar eru þekktir fyrir að seyta út próteasahindrum úr s.k. Streptomyces súbtilísin hindra (SSI) fjölskyldu. DNA úr Streptomyces lividans TK24 var fengið og frá því var genið sem tjáir fyrir Streptomyces lividans próteasa hindrann (SLPI) klónað yfir í E. coli og yfirtjáð. SLPI var skilgreint með CD, flúrljómun, DSC og ITC. SLPI er varmafræðilega stöðug tvíliða sem getur endurheimt byggingu sína eftir hitaafmyndun. Hitastöðugleiki SLPI var vel skilgreindur með DSC og varmafræðilegar stærðir á borð við ΔH og ΔG afmyndunar, sem og varmarýmd (ΔCp) ákvarðar. Flókar af SLPI með AQUI eða VPR voru einnig skilgreindir með litlum byggingarlegum breytingum mældum með CD og flúrljómun. Fjallað verður um bindingu SLPI við VPR og AQUI sem var skilgreind með ITC.