Meistarafyrirlestur í tölfræði - Ottó Hólm Reynisson | Háskóli Íslands Skip to main content

Meistarafyrirlestur í tölfræði - Ottó Hólm Reynisson

Hvenær 
25. maí 2018 13:00 til 14:30
Hvar 

VR-II

stofa 158

Nánar 
Allir velkomnir

Meistaranemi: Ottó Hólm Reynisson
Heiti verkefnis: Samanburður aðferða sem framkvæma erfðamengistengslagreiningu á skertum gögnum
___________________________________________
Deild: Raunvísindadeild 
Leiðbeinendur: Sigrún Helga Lund og Matthías Kormáksson,
Prófdómari: Jóhanna Jakobsdóttir

Ágrip

Markmið þessarar ritgerðar er að bera saman mismunandi aðferðir sem framkvæma erfðamengis tengsla rannsóknir (GWAS) á skertum gögnum. Í skertum gögnum er útkomubreytan tími þangað til að atburður gerist eða skerðing á sér stað. Slíkar útkomur eru mjög algengar í læknavísindum. Algengast er að nota lifurlíkön eins og Cox líkan við greiningu skertum gögnum. Slík líkön hafa hins vegar lítið verið notuð í GWAS.

Gögnin í þessari rigerð eru hermd frá Cox líkani og er Weibull dreifing látin lýsa undirliggjandi hættufalli. Notast var við þrjá megin þætti í hermuninni; skerðingarhlutfall, tíðni hverrar erfðabreytu ásamt hættuhlutfalli samsvarandi breytu. Sérhvert gagnasett samanstendur af lifunartíma, bakgrunnsbreytum og 1.000 erfðabreytum, þar sem einungis lítill hluti þeirra er látinn hafa áhrif á lifun.

Framkvæmdar voru greiningar með mismunandi líkönum þar sem sérhver erfðabreyta var prófuð í sínu lagi og voru bæði afl og hlutfall rangra uppgötvana metið. Afleiddar stærðir úr Cox líkani með einungis bakgrunnsbreytum voru notaðar sem samfelldar stærðir. Einnig var LASSO aðferð framkvæmd á Cox líkan. Niðurstöður fyrir Cox-LASSO, Cox, martingalaleif, fráviksleif, normalstaðlaða martingalaleif, normalstaðlaða fráviksleif, lógistíska- og Poisson aðhvarfsgreiningu voru að meðaltali fyrir a: (95%, 87%, 85%, 84%, 81%, 80%, 35%, 24%), og að meðaltali fyrir hlutfall rangra uppgötvana (85%, 9.5%, 7.5%, 6.5%, 5.9%, 5.8%, 8.2%, 0.1%) í sömu röð. Einungis 2%-3% tap í afli fæst við að nota leifar sem samfelldar stærðir, en á móti er hlutfall rangra uppgötvana 2% lægra.

Normalstaðlaðar leifar má nota sem afleiddar samfelldar stærðir í GWAS og eru þær samkeppnishæfar við Cox líkan á öllum sviðum. Að nota leifar á þenna hátt krefst ekki flókinnar útfærslu, heldur má notast við fyrirliggjandi aðferðir til að gera GWAS á samfelldum mælingum. Sumar þeirra eru mjög fágaðar og gætu gefið enn betri niðurstöður. Þegar mikið er um skerðingar er gríðarlegur ávinningur fólgin í að nota leifar úr lifunarlíkönum í stað lógistískrar aðhvarfsgreiningar í GWAS. Þannig má auka afl með litlum reiknitilkostnaði

Ottó Hólm Reynisson

Meistarafyrirlestur í tölfræði - Ottó Hólm Reynisson

Netspjall