Meistarafyrirlestur í líffræði - Ilmur Jónsdóttir
Fyrirlesturinn verður á Zoom: https://zoom.us/j/92546163241?pwd=M0NPWXNSZDZUcTV4MFVabEZsZTNLQT09
Meistaranemi: Ilmur Jónsdóttir
Heiti verkefnis: Thermus Bakteríur og veirur sem sýkja þær
___________________________________________
Deild: Líf- og umhverfisvísindadeild
Leiðbeinandi: Guðmundur Hreggviðsson, prófessor við Líf- og umhverfisvísindadeild
Einnig í meistaranefnd: Snædís Huld Björnsdóttir, dósent við Líf- og umhverfisvísindadeild
Prófdómari: Arnar Pálsson, prófessor við Líf- og umhverfisvísindadeild
Ágrip
Í þessari rannsókn voru rannsakaðar níu íslenskar hitakærar veirur sem sýkja bakteríur af ættkvíslinni Thermus. Sambandið milli veiranna og valinna Thermus stofna, bæði frá Íslandi og erlendis, var greint. Mögnun veiranna var gerð með "Plaque Assay" aðferðinni, sem var líka notuð til kross-sýkinga og til að áætla styrk veirulýsatanna eftir raðþynningar. Hýsilbreidd veiranna var könnað með kross-sýkinga prófum á 27 Thermus stofnum úr 11 Thermus tegundum. Niðurstöðurnar úr kross-sýkingunum sýndi fram á verulega fjölbreytni í hýsilbreidd veiranna, og einstök og sameiginleg sýkingamunstur komu í ljós, bæði milli og innan Thermus tegunda. Nanopore og Illumina raðgreiningar voru gerðar á erfðamengjum íslensku Thermus stofnanna og flest allra veiranna. CRISPR kerfin voru flokkuð í Thermus stofnunum og kenniraðir (CRISPR spacers) þessara kerfa greind fyrir hvern og einn Thermus stofn. Fimm CRISPR kerfi fundust í Thermus erfðamengjunum, Type IB, Type IC, Type IE, Type IIIA og Type IIIB og voru greindar alls 1269 CRISPR kenniraðir í þeim. Mótraðir (protospacers) við 30 þeirra fundust í alls 7 af veirunum. Kannað var hvort sýkingar og ónæmi mætti smeð skýra með samsvörun CRISPR-kenniraða og veiru-mótraða. Veirurnar voru myndaðar með rafeindasmásjá og veirurnar flokkaðar í fjölskyldur á grunni formgerða þeirra. Veirurnar tilheyrðu fjórum fjölskyldum, Myoviridae, Siphoviridae, Inoviridae and Tectiviridae.
Þetta verkefni var hluti af verkefninu Virus-X sem var fjármagnað af Horizon2020 styrk frá Evrópusambandinu. Virus-X verkefnið miðaði að því að auka þekkingu á veiruríki heimsins og þróa ný veiruensím til notkunar í erfðatækni