Skip to main content

Doktorsvörn í efnafræði - Subham Saha

Hvenær 
15. júní 2017 -
9:30 til 12:00
Hvar 

Askja

132

Nánar 
Aðgangur ókeypis

Fimmtudaginn 15. júní ver Subham Saha doktorsritgerð sína við Raunvísindadeild Háskóla Íslands. Ritgerðin ber heitið: Þróun aðferða til nítroxíð spunamerkinga RNA með samgildum og ósamgildum tengjum (e. Advancement of covalent and noncovalent nitroxide spin-labeling of RNA).

Andmælendur eru dr. Ronald Micura, Prófessor í lífrænni efnafræði, Leopold Franzens University, Innsbruck, Austurríki og dr. Poul Nielsen, prófessor í lífrænni efnafræði, University of Southern Denmark, Danmörku.

Leiðbeinandi er dr. Snorri Þór Sigurðsson. Aðrir í doktorsnefnd dr. Guðmundur G. Haraldsson, Prófessor við Háskóli Íslands og dr. Stefán Jónsson, Verkefnastjóri, Íslensk Erfðagreining.

Dr. Oddur Ingólfsson, deildarforseti og prófessor við Raunvísindadeild Háskóla Íslands stýrir vörninni sem fer fram í Öskju, stofu 132 og hefst klukkan 09:30.

Ágrip af rannsókn

Rafeindasegullitrófsgreiningu (e. electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy) er beitt reglubundið í rannsóknum á byggingu og hreyfingu kjarnsýra, til að varpa ljósi á starfsemi þeirra og hlutverk. EPR rannsóknir á kjarnsýrum krefjast innleiðingar meðseglandi kjarna (spunamerkja) á ákveðinn stað, en sú aðferð kallast staðbundin spunamerking (e. site-directed spin-labeling, SDSL).
Þessi doktorsritgerð lýsir þróun tveggja nýrra aðferða til staðbundinnar spunamerkingar á ríbósakjarnsýrum (e. ribonucleic acid, RNA). Fyrri aðferðin byggir á myndun ósamgildra tengja milli RNA aptamers og tengils sem ber spunamerki. Malachite green (MG) aptamerinn er þekktur fyrir að bindast litarefnunum MG og tetrametýlrósamíni (TMR). Smíðaðar voru spunamerktar afleiður af MG og TMR og bindisækni þeirra í aptamerinn rannsökuð með EPR. Flúrljómunarmælingar við 25 °C sýndu að TMR-afleitt pyrrólidín nítroxíð bast að fullu við aptamerinn, með klofningsfastann (KD) 66 nM. Þessi spunamerkingaraðferð er fyrsta dæmið um staðbundna spunamerkingu á óbreyttu RNA. PELDOR (e. pulsed electron-electron double resonance) var notað til þess að mæla 3,3 nm fjarlægð á milli spuna-merkta tengilsins og ísóindólín-afleidds spunamerks, sem bundið var samgildum tengjum við aptamerinn. Í tengdri rannsókn var bindisækni bensímídasól-ísóindólín nítroxíða í basalaust kirni í tvístrendu DNA og RNA rannsökuð. Tenging fimm nítroxíða var rannsökuð með skimun á bindisækni þeirra í blöndu af DNA og RNA tvístrendingum. Bindisækni tveggja þeirra var svo rannsökuð nánar.
Einnig var þróuð aðferð til að spunamerkja RNA eftir smíði þess (e. post-synthetic spin labeling), þar sem kjarnsækinn 2‘-amínó hópur á RNA var hvarfaður við tvö arómatísk ísóindólín nítroxíð sem innihéldu ísóþíósýanat virknihóp og mynda því þíóúrea tengi við RNA. Þessi nýju spunamerki hafa lítil áhrif á stöðugleika RNA tvístrendinga. Ennfremur sýndi EPR greining að þessi spunamerki höfðu takmarkaðan hreyfanleika eftir innleiðingu í RNA, sem eykur notagildi þeirra til fjarlægðamælinga með PELDOR. Tetraetýlísóindólínafleiðan var fremur stöðug í viðurvist askorbínsýru sem lofar góðu fyrir notkun þess sem spunarmerkis með EPR mælingum í frumum.

Um doktorsefnið

Subham Saha fæddist árið 1983 í Kolkata í West Bengal ríki á Indlandi. Hann fékk B.Sc. í efnafræði frá Háskólanum í Pune, Indlandi árið 2004 og MS í lífrænni efnafræði frá sama háskóla árið 2007. Eftir að hafa unnið fyrir lyfjafyrirtæki í rúm fjögur ár hóf hann doktorsnám við Háskóla Íslands. Subham er giftur Bristi Saha.