Skjalasöfn eru skráð jöfnum höndum í rafrænan gagnagrunn (leit í skjalaskrám) eftir því sem þau berast skjalasafni Háskólans frá deildum og stofnunum skólans. Fjölritaðar hafa verið eftirtaldar skjalaskrár:
- Skjalaskrá Háskóla Íslands 1911-1960
- Skjalaskrá sjóða Háskóla Íslands 1911-1984
- Skjalaskrá Hjúkrunarskóla Íslands 1931-1991
- Skrá yfir skjöl rektors Háskóla Íslands 1960-1984
Einkaskjalasöfn
Einkaskjalasöfn (Ein 1-21) sem varðveitt eru í skjalasafni Háskólans eru í nær öllum tilvikum aðeins hluti úr skjalasöfnum einstaklinga, gjarnan skjöl sem snerta Háskóla Íslands eða sögu hans. Þó kennir þar ýmissa grasa:
- Ein 1 Steingrímur J. Þorsteinsson prófessor
- Ein 2 Magnús Matthíasson kaupmaður
- Ein 3 Friðrik Einarsson læknir
- Ein 4 Gísli Fr. Pedersen læknir
- Ein 5 Byggingasamvinnufélag starfsmanna Háskóla Íslands
- Ein 6 Þorsteinn Vilhjálmsson prófessor
- Ein 7 Sverrir Tómasson sérfræðingur
- Ein 8 Þorbjörn Broddason prófessor
- Ein 9 Séra Sveinn Níelsson
- Ein 10 Alexander Jóhannesson rektor
- Ein 11 Gylfi Þ. Gíslason prófessor
- Ein 12 Þórir Kr. Þórðarson prófessor
- Ein 13 Sigurður Björnsson verkfræðingur
- Ein 14 Sögusjóður stúdenta
- Ein 15 Jónas Gíslason prófessor
- Ein 16 FFS Félag samkynhneigðra stúdenta
- Ein 17 Ökonomia - félag hagfræðinema
- Ein 18 Ottó H. Michelsen forstjóra
- Ein 19 James Love Nisbet læknir
- Ein 20 Sigurður Þórarinsson prófessor - skjalaskrá (pdf)
- Ein 21 Helgi Pjeturss náttúrufræðingur
- Ein 22 Hume Society
- Ein 23 Þorbjörn Sigurgeirsson prófessor.