Við Háskóla Íslands er fylgt víðtæku formlegu gæðakerfi sem tekur til lögbundins hlutverks Háskólans á sviði kennslu og rannsókna, auk stjórnunar, rekstrar og þjónustu. Gæðakerfið hvetur til nýsköpunar, bættrar frammistöðu og aukins sjálfstæðis starfsmanna, en einnig til samvinnu þar sem áætlun, aðgerðir, eftirlit og viðbrögð mynda ferli stöðugra umbóta. Gæðakerfið tekur mið af stefnumótun og framkvæmd gæðamála hjá erlendum háskólum, háskólasamtökum, einkum Samtökum evrópskra háskóla (EUA), og opinberum og sjálfstæðum gæðaeftirlitsstofnunum.
Rektor ber ábyrgð á gæðakerfi Háskólans og deildarforsetar, forstöðumenn og framkvæmdastjórar bera ábyrgð á gæðum starfsemi þeirra rekstrareininga sem þeir stýra. Gæðastjóri annast framkvæmd gæðakerfisins í umboði rektors og í samvinnu við stjórnsýslusvið. Rektor heldur mánaðarlega fundi með deildarforsetum þar sem m.a. er fjallað um framkvæmd og þróun gæðakerfisins.
Auk þessa starfar innan Háskólans sérstök ráðgjafarnefnd rektors um gæðamál. Hlutverk nefndarinnar er að fylgjast með framkvæmd gæðakerfisins, fjalla um og samræma útfærslu einstakra þátta og móta tillögur um þróun þess, eftirfylgni og úrbætur.
Gæðakerfi Háskólans hvílir á þeirri stefnumótun sem fram hefur farið á vettvangi háskólafundar frá því að lög nr. 41/1999 um Háskóla Íslands tóku gildi. Fyrsti áfanginn í stefnumótuninni var samþykkt vísinda- og menntastefnu Háskóla Íslands á háskólafundi 6. apríl 2001. Annar áfanginn, sem hófst þegar í kjölfarið, fólst í því að allar deildir Háskólans, og nokkrar stofnanir að auki, gerðu sér ítarlegar þróunaráætlanir til fimm ára, m.a. með hliðsjón af vísinda- og menntastefnunni.
Þriðji áfanginn í stefnumótunarstarfinu var loks gerð áætlunar um uppbyggingu Háskóla Íslands 2002-2005, sem felur í sér bæði skýr markmið og mælanlegar aðgerðir og er einnig í samræmi við vísinda- og menntastefnu Háskólans. Allir áfangar stefnumótunarstarfsins eru í samræmi við stefnumiðaða árangursstjórnun.
Gæðakerfið samanstendur af tveimur meginþáttum.
Í fyrsta lagi felur það í sér hvata-, mats- og eftirlitskerfi sem snerta nemendur, starfsfólk og samstarfsaðila. Helstu þættir gæðakerfis Háskólans eru mat dómnefnda á hæfi umsækjenda við nýráðningar og framgang í akademísk störf, matskerfi rannsókna, mat á störfum kennara, kennslu, námskeiðum og stjórnun, svo og árangurstengdar launaákvarðanir, árangurstengt fjárveitingakerfi og samkeppnissjóðir.
Í öðru lagi felur gæðakerfi Háskólans í sér ýmis upplýsingakerfi, þar sem lögð er rík áhersla á nákvæma öflun og skilvirka miðlun hvers kyns upplýsinga um starfsemi hans, svo sem skráningarkerfi nemendaskrár, skjalastjórnunarkerfið GoPro, bókhaldskerfið Oracle, rannsóknagagnabanka rannsóknasviðs, gagnabanka um helstu stað- og kennitölur í starfsemi Háskólans, vefkerfi Reiknistofnunar, mannauðskerfi starfsmannasviðs og upplýsingabanka Landsbókasafns - Háskólabókasafns.
Að auki má nefna skráða verkferla og verklagsreglur sem taka til fjölmargra einstakra starfsþátta, frá móttöku nýrra nemenda og ráðningu nýrra starfsmanna til framgangs kennara og sérfræðinga og brautskráningar kandídata.