Drjúgur hluti starfs nefndarinnar fór í viðbrögð við ytri úttektum á Háskóla Íslands 2004-2005 og vegna stefnu Háskólans sem samþykkt var á árinu. Var nefndinni falið að fylgja eftir mörgum atriðum í stefnunni með tillögum. Ber þar hæst breytingar á matskerfi rannsókna vegna vinnumatskerfis Háskólans. Er gert ráð fyrir að því verki ljúki á árinu 2007.
Umfangsmikill hluti starfsemi vísindanefndar sneri að Rannsóknasjóði Háskólans. Vinna við úthlutun úr Rannsóknasjóði fyrir árið 2007 átti sér stað í lok ársins eins og áður og sem fyrr var faglegt mat skilið frá úthlutunarvinnu.
Faglegt mat önnuðust þrjú fagráð, fagráð heilbrigðisvísinda, fagráð hug- og félagsvísinda og fagráð verk- og raunvísinda. Í hverju fagráði voru um sjö til átta fulltrúar, þar af voru einn til tveir fulltrúar úr vísindanefnd. Fagráð mátu allar umsóknir á fagsviði sínu. Samræming og lokafrágangur úthlutunar var síðan í höndum vísindanefndar. Við úthlutun var unnið samkvæmt svipuðum viðmiðum og áður og leitast við að styrkja sérstaklega góð verkefni.
Umsóknir voru 177 og voru alls 164 verkefni styrkt. Eins og áður styrkti rektor sjóðinn um 10 m.kr. til að launa doktorsnema og styrkja nýdoktora. Alls var úthlutað um 156 m.kr. úr Rannsóknasjóði fyrir árið 2007. Meðalstyrkur var 949 þús. kr. (sjá nánar kafla um Rannsóknasjóð).
Vísindanefnd sá einnig um úthlutun verkefnabundinna styrkja til tækjakaupa eins og áður. Á árinu 2006 voru einnig veittir styrkir til nýdoktora sem hluti af úthlutun Rannsóknasjóðs. Alls voru veittir 14 styrkir (sjá nánar kafla um Rannsóknasjóð). Tryggt hefur verið fjármagn til þessara styrkja á árinu 2007. Vísindanefnd ákvað á árinu að veita styrki til ráðstefnuferða stúdenta í framhaldsnámi og verða þeir auglýstir í byrjun árs 2007.
Í mars 2006 voru í fyrsta skipti veittir styrkir til framhaldsnema úr Háskólasjóði Eimskipafélags Íslands (sjá nánar kafla um Háskólasjóð). Faglegt mat á umsóknum var samkvæmt reglum í höndum vísindanefndar og fagráða hennar. Var umsóknum forgangsraðað eftir vísindalegu gildi verkefnis, vísindalegri hæfni leiðbeinenda og náms- og rannsóknarferil stúdents. Í lok ársins voru umsóknir til sjóðsins vegna úthlutunar 2007 metnar af nefndinni. Matið fór fram með sama hætti og áður.
Vísindanefnd tilnefndi þrjá vísindamenn til verðlauna vegna árangurs í rannsóknum. Nefnd undir forsæti rektors valdi síðan Helga Valdimarsson, prófessor í læknadeild. Honum voru veitt verðlaunin við brautskráningu Háskólans 21. október 2006.
Skipan vísindanefndar 2006:
Helga Ögmundsdóttir, prófessor í læknadeild, formaður, Guðrún Nordal, prófessor í hugvísindadeild, Helgi Gunnlaugsson, prófessor í félagsvísindadeild, Ingibjörg Harðardóttir, dósent í læknadeild, Magnús Már Halldórsson, prófessor í verkfræðideild, Snorri Þór Sigurðsson, prófessor í raunvísindadeild, og Brynhildur Thors, doktorsnemi í læknadeild, fulltrúi stúdenta.